印杯机有对印刷的色数有明显的分类，有多色、六色印杯机，采用水油不相容、表面吸附及网点构像等三大原理进行印刷。在多色套印中，以单色为单元，以一定顺序依次重叠套印，最后还原于原稿的过程，称为墨色套印顺序，简称色序。
对印杯机色序的安排，受各种条件的支配，为获得良好的印刷效果，一般要遵循下列基本原则：
1.根据三原色明度排列色序：暗色先印，亮色后印。
2.根据三原色油墨的明度和遮盖力排列色序，透明度差的油墨先印，透明度强的油墨后印。
3.根据网点面积占有的多少排列色：一般网点面积小的先印，网点面积大的后印。
4.根据原稿特点排列色序：以暖调为主的图文先印黑、青、后印品红、黄；以冷调为主的图文先印品红，后印青。
5.根据机型排列色序：单色或双色印杯机色序一般为明暗色墨相互交替。印杯机印刷色序一般为黑、品红、青、黄或黑、青、品红、黄。
6.根据纸张的性质排列色序：平滑、紧密的纸张先印暗色，后印亮色；而粗、松的纸张先印明亮色，后印暗色。
7.根据油墨的干性排列色序：干燥慢的油墨先印，干性快的油墨后印。
8.根据平网和实地排列色序：平网图文先印，实地结构后印。
9.根据浅色油墨和深色油墨排列色序：深色油墨先印，浅色或专色油墨后印。
10.根据规矩套合、换色是否方便排列色序：主色或强色套合尽量在一块或紧挨着，不能谁意分开，另外，色序必须考虑到换色方便，否则将增加辅助时间。
总之，印杯机色序的安排是很重要且复杂的问题，必须具体问题具体分析，决不能盲目从事。